עמותת חינוך ישראלי מבקשת להיות ה"מצפן" החינוכי של מערכת החינוך המכוון אל דמותו "בית ספר ישראלי" מעולה - המגלה מנהיגות חינוכית איכותית, המחויבת לערכים דמוקרטיים מתוך זיקה אל תרבותם הלאומית של התלמידים (תרבות יהודית/ערבית) .

אנו פועלים לאור חזון של חינוך ציבורי המושתת על תכנית ליבה ישראלית-דמוקרטית, תקצוב שוויוני שיבטיח מענה לכל ילד וילדה על פי צרכיהם, וכן ביזור ארגוני שיבטיח ניהול איכותי ואוטונומיה בית ספרית.   

אנו מאמינים באיכותם ובמנהיגותם של המורים והמנהלים ורואים בהם מוקד לתהליכי השינוי. 
העמותה פיתחה ומפעילה בהצלחה, זו השנה הרביעית ברציפות, את מודל "בית ספר ישראלי" בבית הספר היסודי 'בית הכרם' בירושלים. בעקבות ההצלחה אומץ המיזם בשלושה בתי ספר נוספים: 'אילן רמון' בחדרה, 'שזר' בקריית אונו ו'בית הספר לאומנויות' בירושלים.
"בית הספר הישראלי" הוא מודל לשיפור איכות בית הספר באמצעות טיפוח הזהות, המנהיגות והמקצועיות של כוח ההוראה. מומחים מטעם עמותת חינוך ישראלי מלווים ומסייעים לבית הספר במשך ארבע שנים להתמצא בתרבותם, ללבן ערכים ולשפר את המעשה החינוכי, תהליכי הלימוד והאווירה בבית הספר.
הוכחנו כי תהליך שכזה, משיג תוצאות חיוביות בכל התחומים- לרבות ירידה באלימות, עליה בהישגים ועליה בשביעות הרצון של כל הגורמים.

עמותת חינוך ישראלי מפעילה פרויקטים ברוח "בית הספר הישראלי" בהם "צהרון חינוך ישראלי" ופועלת להקמת "מסלול חינוך ישראלי" בשיתוף מכללת סמינר הקיבוצים.
בראש העמותה עומד אורן יהי- שלום ובוועד המנהל חברים אנשי חינוך, אקדמיה ותעשיה מהמובילים בישראל וביניהם: טל מניפז (יו"ר), דב לאוטמן, יובל רבין, פרופ' עמרי ידלין, הרב סיוון מס, עמי פדרמן, ענת מניפז-פישמן, גל קלי, דר' איילה שוורץ, אבישי גולדברג, רעיה בירן, ד"ר שלמה אגוז, ושמואל(סם) פישר.