מבצר עכו נבנה בתקופה העות'מאנית על יסודות מבצר צלבני מהמאה ה-12.
בתקופה העות'מאנית שימש תחילה את שליטי עכו כ"סראיה", בית-ממשל, ובסופה כבית כלא וקסרקטין, מחסן נשק לחיל המצב.
אחדים מחברי ארגון "השומר" נכלאו במצודת עכו תחת השלטון התורכי.
בתקופת המנדט הבריטי שימש המבצר כבית הכלא המרכזי בצפון הארץ,  בו נכלאו מאות מחברי ארגוני המחתרות "הגנה" אצ"ל ולח"י, שנאסרו בשל מאבקם על הגנת היישוב, ומלחמתם במנדט הבריטי וזכותם להקמת בית לאומי בארץ ישראל.
האסיר הראשון בתקופת השלטון הצבאי הבריטי היה זאב ז'בוטינסקי מפקד ההגנה היהודית בירושלים
ותשעה עשר חבריו מגיני העיר במאורעות תר"פ (1920).
בשנת 1939 נכלאו במבצר עכו מ"ג חברי קורס המפקדים של "ההגנה" ביבנאל, בהם משה דיין ומשה כרמל, עשרה חברי "ההגנה" מגינוסר וכן קבוצת ל"ח חברי קורס המפקדים של האצ"ל במשמר הירדן.

 ב-4.5.1947 נפרץ הכלא על-ידי כוחות האצ"ל בפעולה מתואמת מול חבריהם הכלואים, ושוחררו 41 אסירים. מהם שלושים אנשי אצ"ל ואחד עשר אנשי לח"י.
בקרב שהתפתח מחוץ לתחומי הכלא, בין הפורצים ובין כוחות משטרה וצבא בריטיים, נהרגו שלושה מן הכוח הפורץ ושישה מהבורחים. מפקד הפעולה, דב כהן - גונדר "שמשון", היה בין הנופלים. עם סיום הפעולה התברר כי 27 אסירים הצליחו להימלט, שמונה נתפסו ועמם חמישה לוחמי אצ"ל מהכוח הפורץ.
שלושה מהם נידונו למוות ע"י בית-דין צבאי בריטי.

בכלא עכו הועלו לגרדום שלמה בן יוסף, מרדכי שוורץ, דב גרונר, יחיאל דב דרזנר, אליעזר קשאני, מרדכי אלקחי, יעקב וייס, אבשלום חביב ומאיר נקר.
מוזיאון אסירי המחתרות, המופעל ע"י משרד הביטחון, מספר את נסיבות כליאתם של לוחמי המחתרות, את אורח חייהם בכלא, את סיפור הפריצה לכלא עכו וסיפורם של עולי הגרדום.
כיום נמצא המבצר בעיצומה של הקמת תצוגה, שבסיומה מוזיאון אסירי המחתרות – עכו יפתח במתכונתו החדשה. 
עם זאת, האתר פתוח לקהל הרחב וניתן להזמין ולתאם סיור מודרך שאורכו כשעה ורבע. 

הסיור משלב את סיפורי המחתרות והמבצר העתיק כולל ערכים שמלווים את אנשי המחתרת בזמן המנדט הבריטי והם: ציונות ואהבת הארץ, גבורה והקרבה.
המבקרים יסיירו  בין תאי האסירים, אגף ז'בוטינסקי, נקודת הפריצה, תאי הצינוק, תא הגרדום וחדרי ההנצחה. באולם הצפייה של המוזיאון מוקרן סרט קצר המתאר את כלא עכו המנדטורי וחשיבותו ההיסטורית.
כמו-כן, לסיורים המתואמים מטעם בתי-ספר ותיכונים אפשרות להפעלות מיוחדות לילדים ולבני-נוער התורמת להעצמת חווית הביקור.